Fra le innumerevoli opere d'arte custodite al suo interno emergono gli affreschi di Altichiero e di Giusto de' Menabuoi (fine del Trecento); il Crocifisso, le statue e i rilievi in bronzo dell'Altare maggiore, opere insigni di Donatello (1444-1448): l'altare del Santo e la Cappella del Tesoro. A fianco della Basilica sorgono l'oratorio di S. Giorgio, con un grande ciclo di affreschi di Altichiero (1379-1384), la Scuola del Santo, che conserva tre celebri affreschi di Tiziano (1511), e il museo Antoniano, dove sono esposte opere d' arte, oreficerie ed antichi paramenti sacri di notevole importanza. Sul sagrato si eleva la statua equestre di Donatello, compiuta nel 1453.
Dopo la morte di Fra' Antonio iniziò la disputa per la custodia del sacro Deposito; il 17 Giugno 1231 la Salma venne condotta nella chiesetta di Rutena, là dove è tuttora. I Francescani, infatti, non appena Gregorio IX ebbe canonizzato S. Antonio (30 Maggio 1232), decisero, sull'esempio di quanto si stava facendo ad Assisi, di erigere, a fianco della troppo angusta S. Maria Mater Domini, una chiesa maggiore, che custodisse l'arca del Taumaturgo.
Ebbe quindi inizio nel 1232 la costruzione della Basilica,durata 80 anni. Incerto è quanto sia stato fatto dal 1232 al 1256; i lavori furono certo rallentati dalle allora difficili condizioni politiche di Padova e della Marca, in seguito alle quali minori aiuti finanziari potevano venir dati dai Frati, poveri per la loro regola. I lavori ebbero una forte accelerazione dopo la liberazione della città dalla tirannia di Ezzelinoda Romano (1256), episodio che venne attribuito all'intercessione del Santo. L'8 Aprile 1263 l'Arca del Santo venne traslata alla nuova chiesa, sotto la terza cupola. Ma la fama del prodigio della lingua (che fu trovata incorrotta e flessibile) moltiplicò il numero dei pellegrini e la chiesa apparve insufficiente a contenerli. Allora il Comune di Padova decise di contribuire economicamente fino al completamento dell'edificio.
L'ultima fase dei lavori si concluse intorno al 1297; la chiesa, ultimata, fu inaugurata con la solenne, definitiva traslazione dell'Arca di S. Antonio nel suo vecchio luogo, laddove è tuttora, all'estremità nord del transetto. Il giudice Da Nono con la sua diligente descrizione della chiesa, ci conferma che nel 1330 la Basilica aveva l' aspetto esterno attuale. Altri episodi che in seguito la danneggiarono (il fulmine del 1394, l' incendio del 1749) motivarono ulteriori restauri, modifiche e migliorie.
IL SANTO
S. Antonio da Padova, nato a Lisbona nel 1195 da famiglia nobile e potente, venne affidato (a soli 6 anni) al clero della cattedrale per esservi istruito nelle "sacre lettere". Trascorse due anni nel monastero di Saõ Vicente, tormentato dalla visita di ex-amici superficiali e viziosi. Quindi si trasferì a Coimbre, dove trascorse 8 anni di intensa applicazione agli studi sacri. Fu ordinato sacerdote a Santa Cruz, all' età di 25 anni. In seguito alla morte di 5 martiri francescani uccisi a Marrakesh (1220), sentì impellente l'ideale del martirio. Riuscì a Olivais (un eremo poco lontano) ad ottenere il permesso per andare in Marocco, e ricevette il nome di Antonio per eludere le ricerche dei genitori, decisamente contrari.Era l'autunno del 1220. Una malattia lo costrinse a rimettersi in mare, dove -a causa del maltempo- fu costretto a ripiegare in Sicilia. Trascorse un paio di mesi a Messina, quindi partì a piedi per Assisi, per il capitolo generale (la assemblea fraterna), 1-8 Giugno 1221.
In breve diventò il teologo di maggior rilievo che l'Ordine contasse; fu quindi incaricato di andare in Francia a fronteggiare le correnti eretiche che stavano dilagando in Provenza. Qui compì i primi miracoli.
Al suo ritorno in Italia, Antonio fu nominato "ministro provinciale" di tutti i francescani del Nord Italia. Compito del "provinciale" è l'animazione spirituale dei suoi frati, per cui città o paesi dove allora erano stanziati i Minori lo ebbero ospite, sia pur di sfuggita. Giunto a Padova, trovò il tempo per raccogliere e mettere insieme il materiale che costituisce la sua opera maggiore: i Sermoni domenicali.
Adottò, primo nella storia del cattolicesimo, l'innovazione di tessere un sermone al giorno; nè chiese nè piazze bastarono, dovette spostarsi in campagna per poter accogliere la folla sempre più folta ed entusiasta.
Andò ad Assisi (Maggio 1230), per il capitolo generale, dove si licenziò dal suo incarico per motivi di salute.
Tornato a Padova, trascorse gli ultimi 25 giorni nell' eremo di Camposanpiero. Morì il 13 Giugno 1231, nel monastero delle Clarisse all'Arcella, all' età di 36 anni.
Il 30 Maggio 1232 nel duomo di Spoleto Gregorio IX officiò la canonizzazione di S. Antonio. Poco dopo ebbe inizio la costruzione del santuario, ex-voto della città Euganea, che sentiva Antonio suo difensore, rifugio e patrono. L'8 Aprile 1263 portando il sarcofago nella nuova basilica, si scoprì che la lingua era rimasta incorrotta.